Прикладное ПО кластера НКС-30Т

ANSYS CFD 14.5. Технология ANSYS CFD открывает доступ к хорошо известным программным продуктам ANSYS FLUENT и ANSYS CFX. Это основные продукты для задач гидрогазодинамики общего назначения, предлагаемые компанией ANSYS, Inc. (Академическая лицензия).

Оба решателя разрабатывались в течение десятилетий независимо друг от друга и обладают несколькими существенными отличиями, несмотря на некоторые схожие черты. Оба модуля основаны на методе контрольных объемов, дающем высокую точность, и используют решатель по давлению, что позволяет применять эти продукты для решения широкого круга инженерных задач. Основные отличия состоят в способе интегрирования уравнений течения жидкостей и в стратегиях решения уравнений.

Решатель ANSYS CFX использует сетку конечных элементов (числовые значения в узлах сетки), схожую с теми, что используется в анализе прочности, для дискретизации области. В отличие от ANSYS CFX, решатель ANSYS FLUENT использует сетку конечных объемов (числовые значения в центрах ячеек). В итоге оба подхода формируют уравнения для конечных объемов, которые обеспечивают сохранение значений потока, что является необходимым условием для точных решений задач гидрогазодинамики. В ANSYS CFX особый упор сделан на решение основных уравнений движения (сопряженная алгебраическая сетка), а ANSYS FLUENT предлагает несколько подходов к решению (метод на основе плотности, расщепленный метод на основе давления, сопряженный метод на основе давления). Оба решателя содержат в себе самые ценные возможности физического моделирования для получения максимально точных результатов.

Вопросы по ППП - chernykhssd.sscc.ru

GAUSSIAN 09. Программный пакет для расчета структуры и свойств молекулярных систем в газофазном и конденсированном состоянии, включающий большое разнообразие методов вычислительной химии, квантовой химии, молекулярного моделирования. Создан нобелевским лауреатом Джоном Поплом и его исследовательской группой и с тех пор постоянно обновляется.

Текущая версия — G09.

Реализованные методы:

Установлено в ССКЦ: Gaussian 09 Rev. D.01 w/LINDA, 2013 г., TCP Linda — пакет параллельного запуска G09 на кластере.

Архитектура:EM64T-SSE4/Linux

Для работы с Gaussian 09 пользователь должен быть включен в группу g09.

Скрипт subg09l для запуска задания Gaussian 09 и инструкцию по работе со скриптом разработал к.х.н Александр Аркадьевич Шубин, ИК СО РАН.

Официальный сайт

GROMACS 4.6. Пакет молекулярной динамики для моделирования физико-химических процессов, первоначально разработанный группой Германа Берендсена из департамента биофизической химии Гронингенского университета, сейчас развивается и поддерживается благодаря усилиям энтузиастов из разных стран, включая университет Уппсалы, Королевский технологический институт. Пакет предназначался в основном для моделирования биомолекул (белки и липиды), имеющих много связанных взаимодействий между атомами, но так как GROMACS обеспечивает высокую скорость расчётов для несвязанных взаимодействий. Считается, что это один из самых быстрых инструментов. GROMACS является свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом, выпущенным под лицензией GPL.

БИБЛИОТЕКИ ПРИКЛАДНЫХ ПРОГРАММ, СОЗДАННЫЕ В ИМВиМГ СО РАН

PARMONC. Библиотека программ для распределенных вычислений по методу Монте-Карло

Библиотека PARMONC предназначена для использования на кластерах ССКЦ КП СО РАН для распараллеливания широкого круга трудоемких приложений метода Монте-Карло.

«Ядром» библиотеки является тщательно протестированный, быстрый и надежный длиннопериодный генератор псевдослучайных чисел, разработанный в Лаборатории методов Монте-Карло ИВМиМГ СО РАН.

Библиотечные подпрограммы могут быть использованы в пользовательских программах, написанных на языках C, C++ и Fortran, причем от пользователя не требуется знание языка MPI. В процессе счета происходит автоматическое получение выборочных средних и границ погрешностей для статистических оценок, алгоритм моделирования которых задается в пользовательской подпрограмме. Имя такой подпрограммы передается в качестве аргумента в соответствующую библиотечную подпрограмму. В процессе счета результаты вычислений периодически сохраняются на жестком диске в удобном для дальнейшей обработки виде. Библиотечные подпрограммы автоматически распределяют вычислительную нагрузку по процессорам кластера. С помощью библиотеки PARMONC можно легко организовать продолжение ранее проведенных расчетов с автоматическим учетом их результатов. Также с помощью библиотеки можно получать коррелированные статистические оценки различных функционалов.

Библиотека установлена на кластере НКС-30Т ССКЦ СО РАН в директории /ifs/apps/parmonc/.

Свои вопросы и предложения можно отправлять автору по следующим электронным адресам: mamomsf.sscc.ru, marchenkomail.ru

AGNES. Среда AGNES, написанная на JAVA c использованием пакета JADE, позволяет создавать имитационные модели систем с дискретными событиями и запускать имитацию этих моделей на кластере ССКЦ СО РАН.